埼玉県高校サッカー選手権大会の決勝戦。主人公の潔世一は、1点ビハインドで迎えた終盤で1対1のチャンスが訪れます。しかし、彼は自らシュートを打つのではなく、味方にパスを出してしまいました。その結果、シュートは外れてしまい、カウンター攻撃を受けてしまいます。相手のエース、吉良涼介にゴールを決められ、チームは敗北してしまいます。後悔しながら家にいる潔世一のもとに、日本フットボール協会から強化指定選手に選ばれたという手紙が届きます。
ある日、指定された場所に向かうと、決勝戦で戦った吉良涼介を含む300人の高校生FWが集まっています。絵心甚八という男が現れ、彼らにブルーロック（青い監獄）プロジェクトの説明をします。このプロジェクトは、世界一のストライカーを育成し、日本をワールドカップ優勝に導くという実験です。参加者は脱落したら二度と日本代表に選ばれることはないと言われますが、それでも選手たちは命をかけて参加する覚悟を決めます。
絵心甚八の発言に反感を抱く選手たちもいますが、絵心甚八は彼らに自由に帰ることを許し、一流のストライカーは自分のゴールに生きると語ります。潔世一は自分がシュートを打たなかったことを悔い、最強のストライカーになるためプロジェクトへの参加を決意します。他の選手たちもそれぞれの大事なものを思い出し、結果として全員がプロジェクトに参加することになります。